U Republici Hrvatskoj je provedba Twinning projekata regulirana Zakonom o provedbi projekata međunarodne institucionalne suradnje Europske unije i projekata tehničke pomoći (NN 99/18).
U okviru sustava provedbe Twinning projekata od strane Republike Hrvatske kao države članice, SAFU ima ulogu tijela administratora projekta koje pruža administrativnu, financijsku, pravnu ili drugu vrstu podrške u pripremi i provedbi Twinning projekata i projekata tehničke pomoći.
Kao tijelo administrator SAFU pruža podršku tijelima državne i javne uprave u pripremi ponuda (projektnih prijedloga) te nastavno na odluku o odabiru za pojedini Twinning natječaj, pruža podršku u procesu izrade ugovora i provedbe projekta u državi korisnici. Mandat SAFU kao tijela administratora projekata uključuje sklapanje sporazuma s institucijama koje su nadležne za stručne aspekte provedbe projekta, sklapanje ugovora sa stručnjacima koji sudjeluju u provedbi projekta, aktivnosti vezane uz odlazak stručnjaka u državu korisnicu, isplatu dnevne paušalne naknade za rad stručnjaka i naknade za per diem, vođenje knjigovodstveno-računovodstvenih evidencija, provođenje nabava za potrebe projekta, organiziranje revizije, itd.
SAFU od svog osnivanja ima ključnu ulogu u koordinaciji Twinning projekata koji su se provodili u Hrvatskoj kao državi korisnici te je bio uključen u provedbu 210 projekata vrijednosti veće od 126 milijuna eura.
Također, SAFU je kao tijelo administrator uključen u provedbu projekata koje je Republika Hrvatska kao odabrani Twinning partner provodila u Bosni i Hercegovini, Crnoj Gori, Kosovu, Moldovi, Sjevernoj Makedoniji i Srbiji.
Kroz navedene projekte SAFU je stekao veliko iskustvo koje može značajno doprinijeti u svim aspektima provedbe projekta, osigurati adekvatnu i konzistentnu primjenu EU pravila i procedura te povećati prepoznatljivost Republike Hrvatske kao kvalitetnog partnera u međunarodnim projektima.